| 1860 | 3 отделение, 1 стол д.1 | 71 | По отношению обер-прокурора Святейшего синода о противозаконных действиях старшин раскольнического Преображенского богаделенного дома в Москве и о мерах к прекращению оных | 22.07.1860 - 24.01.1867 | 9 | |
| 1861 | 3 отделение, 1 стол д.2 | 53 | По жалобе государственных крестьян Вятской губернии, Глазовского уезда Григория Колоткина с другими на незаконные поборы местного духовенства | 21.09.1861 - 19.12.1866 | 4 | |
| 1862 | 3 отделение, 1 стол д.3 | 5 | По жалобе государственного крестьянина Вологодской губернии Михаила Бозова на неправильное производство следствия о принадлежности его с семьей к расколу | 08.01.1862 - 28.01.1867 | 12 | |
| 1862 | 3 отделение, 1 стол д.4 | 62 | По просьбе крестьянина Пермской губернии, дереввни Шамары Сергея Тимофеева Потеряева о дозволении ему приобрести рекрутскую квитанцию | 11.07.1862 - 02.09.1867 | 4 | |
| 1862 | 3 отделение, 1 стол д.5 | 102 | По жалобе государственного крестьянина Оренбургской губернии. Челябинского уезда, деревни Гагарьевской Евстафия Тельминова на действия местного станового пристава, запечатавшего у него в доме, под видом моленной, комнату | 22.12.1862 - 02.02.1869 | 22 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.6 | 6 | О дозволении молоканам крестьянам Бердянского уезда Калмыковым производить торговлю в молоканских селениях | 13.01.1864 - 28.09.1864 | 10 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.7 | 9 | О числе раскольников и последователей вредных сект из сословия государственных крестьян за 1864 год по донесениям палат государственных имуществ | 20.01.1864 - 28.02.1865 | 113 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.8 | 13 | По просьбе государственного крестьянина Московской губернии раскольника Осипа Бородина о выдаче ему с семейством паспорта для изыскания средств к пропитанию | 23.02.1864 - 24.03.1864 | 4 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.9 | 15 | По просьбе государственного крестьянина молокана Астраханской губернии. деревни Светлого Яра Василия Никифорова Степанова о перечислении его в село Пришиб | 29.02.1864 - 10.06.1864 | 5 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.10 | 18 | Сборник постановлений по делам раскольников | 21.03.1864 - 31.03.1864 | 4 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.11 | 20 | По препровожденной министром внутренних дел просьбе государственных крестьян Костромской губернии, деревни Дурасовой о дозволении им построить моленную | 02.04.1864 - 09.04.1864 | 2 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.12 | 21 | По отношению генерал-губернатора Восточной Сибири о дозволении крестьянину Михаилу Кирею Попову отлучиться на год в Таврическую губернию | 11.04.1864 - 20.06.1864 | 5 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.13 | 22 | По просьбам крестьян Вятской губернии Светлакова и других о дозволении поступить в раскол | 13.04.1864 - 20.02.1867 | 14 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.14 | 23 | По просьбе государственной крестьянки Катерины Петровой о покровительстве принадлежащего к расколу племянника ее, приговоренного к ссылке в Сибирь | 05.05.1864 - 20.06.1864 | 3 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.15 | 24 | О причислении принадлежащего к молоканской секте исключенного из военного ведомства кантониста Кирила Николаева Игумнова к сословию государственных крестьян Рязанской губернии | 06.05.1864 - 21.05.1866 | 21 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.16 | 26 | По отношению 1-го департамента о причислении молокан Самарской губернии, Тяглого озера, Николаевского уезда в Амурскую область | 06.05.1864 - 04.06.1864 | 2 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.17 | 25 | По жалобе государственного крестьянина Пермской губернии Федора Зберянова на запечатание принадлежащей ему молельни | 26.05.1864 - 29.10.1864 | 8 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.18 | 28 | По представлению управляющего Таврической палатой о дозволении молоканам отлучаться в соседние губернии до весны будущего года для обеспечения продовольствием скота их | 14.06.1864 - 27.06.1864 | 20 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.19 | 29 | По отношению министра внутренних дел о неправильной выдаче молокану Афанасию Логинову паспорта на отлучку | 17.06.1864 - 01.07.1864 | 4 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.20 | 30 | По просьбе раскольника Тверской губернии, Старицкого уезда, Горецкой волости Алексея Федороваа и крестьянской девицы Авдотьи Ивановой | 30.07.1864 - 12.11.1864 | 17 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.21 | 31 | По просьбе уполномоченного от государственных и временнообязанных крестьян Смоленской губернии, Юхновского уезда, Мочаловской волости раскольника Петра Митрофанова об отводе особого для погребения раскольников кладбища | 30.07.1864 - 18.12.1864 | 8 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.22 | 32 | По переданной 1-ым департаментом жалобы крестьянина раскольника Курской губернии, села Лещинской Платы Кузьмы Авдеева на бывшего старооскольского городничего Дроздовского | 05.08.1864 - 23.10.1864 | 10 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.23 | 42 | По просьбам крестьян Вятской губернии Василия Боровикова, девицы Прасковьи Суворовой и солдатки Егоровой о дозволении перейти в раскол | 03.10.1864 - 11.03.1865 | 7 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.24 | 45 | По поступившим в Министерство государственных имуществ от вольноотпущенного Андрея Анисимова просьбам о причислении его по деревне Двуглинковой, Зарайского уезда к сословию государственных крестьян | 10.10.1864 - 14.04.1866 | 25 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.25 | 47 | По представлению управляющего Саратовской палатой об отобрании детей у раскольников Рябовых, Болтунова и Задоркина | 19.10.1864 - 30.10.1864 | 3 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.26 | 53 | О перечислении государственных крестьян Самарской губернии молокан Михаила Жоголева и Семена Новосильцева с семействами их в самарское купечество | 28.11.1864 - 28.05.1865 | 8 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.27 | 54 | По просьбе крестьян Тверской губернии, Новоторжского уезда раскольников Петра Тимофеева и Ивана Васильева об отводе им кладбища в пустоши Железникове | 29.11.1864 - 19.01.1866 | 20 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.28 | 55 | По отношению министра внутренних дел о распространении Высочайшего повеления 16 апреля 1863 года об освидетельствовании тел умерших раскольников на те селения крестьян, где местное сельское начальство из молокан | 29.11.1864 - 11.11.1866 | 15 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.29 | 56 | По просьбе вольноотпущенных крестьян Васильева и Жолтовых, принадлежащих к молоканской секте, о дозволении им причислиться к сословию государственных крестьян | 12.12.1864 - 31.07.1865 | 19 | |
| 1864 | 3 отделение, 1 стол д.30 | 57 | По просьбе государственного крестьянина села Большой Норьи Федора Дементьева о дозволении ему отлучаться по паспортам в Вятской губернии | 23.12.1864 - 03.02.1866 | 12 | |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.31 | 6 | По просьбе крестьян Вятской губернии, деревни Верхнего Юсь Павла Терентьева и Логина Кутергина об отчислении их из православия в раскол | 18.01.1865 - 24.01.1865 | 2 | |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.32 | 8 | О появившейся в Бердянском уезде, Таврической губернии секте прыгунков | 22.01.1865 - 21.09.1866 | 100 | |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.33 | 10 | О числе раскольников и последователей вредных сект из сословия государственных крестьян за 1864 год по донесениям палат государственных имуществ | 25.01.1865 - 10.09.1865 | 88 | |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.34 | 12 | По просьбе выгорецких раскольников Олонецкой губернии об оказании содействия к скорейшему рассмотрению их всеподданнейшей просьбы | 30.01.1865 - 09.03.1865 | 7 | |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.35 | 32 | О ссылке в Сибирь раскольников крестьян Лысова, Сапунцова, Камбарова и других за составление секты прыгунков | 03.02.1865 | 1 | |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.36 | 17 | По просьбе крестьян Вятской губернии починков Слутского, Вебинового Мысу и других | 09.02.1865 - 13.09.1867 | 6 | |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.37 | 19 | По отношению министра внутренних дел с просьбой государственных крестьян Астраханской губернии, села Коселева молокан Федора [Войщева], Афонасия Кулакова и других об отобранных у них и окрещенных по обряду православной церкви малолетних детей их | 16.02.1865 - 19.11.1866 | 12 | |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.38 | 24 | О вновь открытых между остриковскими крсетьянами Бердянского уезда? Таврической губернии скопцах Иване Васецком, Михаиле Гнедаше и других | 08.03.1865 - 13.03.1865 | 5 | |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.39 | 29 | По донесению управляющего Таврической палатой государственных имуществ об открывшейся в селениях государственных крестьян Днепровского уезда раскольнической секте мариинцев | 26.03.1865 - 07.09.1865 | 6 | |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.40 | 35 | О совратившейся из православия в раскол крестьянской дочери деревни Больших Кокин? Витебской губернии Ивановой | 24.04.1865 - 20.10.1865 | 13 | |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.41 | 36 | По предположению министра внутренних дел о высылке в Якутский край скопцов и шалапутов, обнаруженных следствием в Таврической губернии до состояния судебного решения | 24.04.1865 - 15.10.1865 | 39 | Выбыло. |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.42 | 39 | По просьбе крестьян молоканской секты Трубачева, Богатенкова, Королевой, Пузановской и Закотской Астраханской губернии о снабжении их письменным дозволением состоять в этой секте | 29.04.1865 - 04.05.1865 | 2 | |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.43 | 42 | По донесению попечительного комитета об иностранных поселенцах Южного края России об открытых последователях молоканской секты между малороссиянами, переселенными из Турции, Григории Заверюхе, Касьяне Ткаченко и Тимофее Исаченко | 12.05.1865 - 05.06.1865 | 5 | |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.44 | 53 | По донесению Таврической палаты государственных имуществ о появившейся в селении Астраханке секте иудействующих, к которой принадлежат Иван Ячменов, Иван Давыдов и Анна Понкратова и о высылке главного распространителя сей секты Ивана Рябоконя в Вятскую губернию | 01.07.1865 - 25.10.1866 | 16 | |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.45 | 61 | По представлению Самарской палаты государственных имуществ о дозволении отлучек по паспортам молоканам, избранным представителями земства | 08.08.1865 - 11.11.1865 | 12 | |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.46 | 62 | По просьбе мастеровых Висимоуткинского господ Демидовых завода Наума Савиных о причислении его с товарищами в государственные крестьяне по деревне Мыркаевой, Челябинского уезда | 10.08.1865 - 22.04.1867 | 16 | |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.47 | 64 | По просьбе солдатки Батищевой о причислении сына ее кантониста Прокофия, беспоповщинской поморского согласия секты, в сословие крестьян по деревне Богомоловой, Воронежской губернии | 23.08.1865 - 16.07.1866 | 8 | |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.48 | 67 | По донесениям палат государственных имуществ о числе раскольников за 1865 год | 07.09.1865 - 22.11.1866 | 74 | |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.49 | 71 | По отношению министра внутренних дел о причислении, самовольно водворившихся на китайской границе по реке Усу крестьян беспоповщинской секты в числе 145 душ, в сословие государственных крестьян | 25.09.1865 - 19.01.1866 | 13 | |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.50 | 78 | По просьбе крестьянина из молокан Саратовской губернии Ефима Попова о перечислении его с семейством в село Пески, Новохоперского уезда, Воронежской губернии | 30.10.1865 - 30.04.1866 | 9 | |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.51 | 90 | По просьбе крестьянина Калужской губернии Филипповаа о перечислении в его семейство зятя крестьянина Мамонтова (из раскольниковО | 03.12.1865 - 23.04.1866 | 3 | |
| 1865 | 3 отделение, 1 стол д.52 | 93 | По представлению Московской палаты государственных имуществ о перечислении крестьянина Еремеева старообрядческой секты по Рогожскому кладбищу в семейство тестя его крестьянина той же секты Кирилова | 14.12.1865 | 1 | |
| 1866 | 3 отделение, 1 стол д.53 | 13 | По отношению новороссийского генерал-губернатора об исходатайствовании молоканам Таврической губернии отлучек в соседние Екатеринославскую и Херсонскую губернии для найма земель | 26.01.1866 - 03.10.1866 | 13 | |
| 1866 | 3 отделение, 1 стол д.54 | 16 | О доставлении во II отделение собственной Его Императорского Величества канцелярии копий с некоторых положений комитета министров о молоканах | 27.01.1866 - 14.03.1866 | 5 | |
| 1866 | 3 отделение, 1 стол д.55 | 34 | По просьбе крестьян Рязанской губернии Никифора Жабина с товарищами о выдаче им паспортов на отлучки в другие губернии, в чем палатой им отказано за принадлежность к молоканской секте | 07.03.1866 - 15.03.1866 | 4 | |
| 1866 | 3 отделение, 1 стол д.56 | 35 | По просьбе крестьян Таврической губернии Дудоладова и Дурицина об оставлении на настоящем месте жительства | 10.03.1866 - 29.09.1866 | 13 | |
| 1866 | 3 отделение, 1 стол д.57 | 36 | По просьбе крестьянина Тамбовской губернии Петра Чуробокова о выселении из деревни Ястребовки крестьянина из молокан Богатырева за совращение им в молоканскую секту сына просителя и двух семейств | 17.03.1866 - 25.11.1867 | 13 | |
| 1866 | 3 отделение, 1 стол д.58 | 47 | По просьбе солдатки Ирины Зуйковой о причислении сына ее кантониста Алексея в общество государственных крестьян села Богоявленского Анишинской волости | 20.04.1866 - 30.05.1886 | 2 | |
| 1866 | 3 отделение, 1 стол д.59 | 49 | По просьбе крестьян Царевского уезда, села Пришиба Мололкина и других о перечислении их с семейством в Амурский или Приамурский край | 21.04.1866 - 05.08.1866 | 4 | |
| 1866 | 3 отделение, 1 стол д.60 | 55 | По жалобе государственных крестьян Смоленской губернии. Сычевского уезда, Писковской и Бертеевской волостей на запечатание исправником и становым приставом их молельни и отобрании из оной икон и старопечатных книг | 20.05.1866 - 09.08.1866 | 11 | |
| 1866 | 3 отделение, 1 стол д.61 | 62 | О совратившихся в молоканскую секту крестьянах города Мелитополя Семене Милоше и других в числе девяти семейств | 20.06.1866 - 12.07.1866 | 3 | |
| 1866 | 3 отделение, 1 стол д.62 | 203 | По прошению государственных крестьян Ивана Агапова Дурицына и Антипа Дементьева Дудоладова о неправильной высылке их с семействами из Таврической в Тамбовскую губернию | 29.07.1866 - 10.08.1866 | 2 | |
